Указом Президиума Верховного Совета СССР от 23 июля 1986 г. за заслуги в развитии исторической науки и подготовке научных кадров Институт истории СССР Академии Наук СССР награжден Орденом Трудового Красного Знамени. № ордена 1165409.

Вручал орден вице-президент Академии Наук СССР П.Н.Федосеев.

14 июня 2007 г. на общем собрании Института российской истории РАН академик А.Д.Некипелов вручил Институту и Центру военной истории России почетные знаки «За активную работу по патриотическому воспитанию граждан Российской Федерации», а также памятные медали «Патриот России» и удостоверения к ним.

18 мая 2013 года за активное участие в работе по присвоению российским городам почетного звания Российской Федерации "Город воинской славы" коллективу Института российской истории РАН объявлена благодарность Президента Российской Федерации.