В настоящее время в Институте действует 15 исследовательских центров, внутри которых существуют творческие группы.
Центр истории русского феодализма
Центр «История России XIX - начала ХХ вв.»
Центр изучения истории территории и населения России
Центр по изучению отечественной культуры
Центр истории религии и церкви
Центр «Россия в международных отношениях»
Центр истории народов России и межэтнических отношений
Центр «Историческая наука России»
Центр изучения новейшей истории России и политологии
Центр источниковедения истории России
Центр социальной истории России
Центр по изучению истории Великой Отечественной войны
