В соответствии c Основными направлениями фундаментальных исследований Институт российской истории РАН проводит изучение фундаментальных проблем отечественной истории, прежде всего, таких ключевых для понимания природы исторического движения и исторического прогресса, как:
- место России в системе мировых цивилизаций,
- роль объективных исторических факторов в развитии страны,
- реформаторство и революционность,
- особенности складывания и функционирования политических институтов,
- история внешней политики, культуры и религии.
В настоящее время в Институте ведется работа по приоритетным направлениям фундаментальных и поисковых исследований «Программы фундаментальных научных исследований Российской академии наук на 2021-2030 годы» в области исторических наук, утвержденной постановлением Правительства РФ от 31 декабря 2020 г. № 3684-р
Среди программ, в выполнении которых активно участвовали научные кадры ИРИ РАН, - Государственная программа «Патриотическое воспитание граждан Российской Федерации», а также Академические программы фундаментальных исследований, в том числе:
Программы Президиума РАН:
- «Этнокультурное взаимодействие в Евразии» (2003-2005 гг.);
- «Адаптация народов и культур к изменениям природной среды, социальным и техногенным трансформациям» (2006-2008 гг.);
- «Историко-культурное наследие и духовные ценности России» (2009-2011 гг.);
- «Традиции и инновации в истории и культуре» (2012-2014 гг.)
Программы Отделения историко-филологических наук РАН:
- «История, языки и литературы славянских народов в мировом социокультурном контексте» (2003-2005 гг.);
- «Общественный потенциал истории» (2003-2005 гг.);
- «Власть и общество в истории» (2006-2008 гг.);
- «Русская культура в мировой истории» (2006-2008 гг.);
- «Исторический опыт социальных трансформаций и конфликтов» (2009-2011 гг.);
- «Генезис и взаимодействие социальных, культурных и языковых общностей» (2009-2011 г.);
- «Нации и государство в мировой истории» (2012-2014 гг.).