Симпозиум по аграрной истории Восточной Европы был создан по инициативе акад. АН СССР С. Д. Сказкина, доктора исторических наук В. К. Яцунского и их эстонских коллег во главе с чл.-корр. АН СССР, акад. АН Эстонской ССР Х. Х. Круусом при заинтересованной поддержке Отделения исторических наук АН СССР.
Первая сессия Симпозиума была проведена в декабре 1958 г. в Таллине, и далее они созывались ежегодно (кроме 1967 г.), а с 1972 г. – раз в два года (исключение составили сессии 1989 и 1994 гг.).
В первый состав организационного комитета Симпозиума, утвержденного в 1959 г., вошли акад. С. Д. Сказкин (председатель), акад. Н. М. Дружинин, чл.-корр. АН СССР Х. Х. Круус, д. и. н. В. К. Яцунский, к. и. н. Ю. Ю. Кахк. Затем оргкомитет последовательно возглавляли чл.-корр. АН СССР В. И. Шунков, академики Ю. В. Бромлей, В. Л. Янин, чл.-корр. В. Т. Пашуто, академики И. Д. Ковальченко и Л. В. Милов, д. и. н. Е. Н. Швейковская. Сейчас сопредседателями являются д. и. н. А. А. Горский и д. и. н. В. В. Кондрашин. В разное время большой вклад в организацию Симпозиума внесли В. А. Александров, А. М. Анфимов, Н. А. Горская, В. П. Данилов, И. Е. Зеленин, Е. И. Индова, Б. Г. Литвак, В. М. Панеях, В. А. Федоров и многие другие ученые.
Сессии поочередно проводились республиканскими Академиями наук совместно с ведущими университетами и педвузами СССР в таких городах, как Вильнюс, Вологда, Воронеж, Гродно, Казань, Каунас, Киев, Кишинев, Ленинград, Минск, Москва, Одесса, Рига, Ростов-на-Дону, Сигулда, Таллин, Уфа. С 1991 г. историков-аграрников принимают вузы российских городов – Арзамаса, Брянска, Вологды, Воронежа, Екатеринбурга, Калуги, Москвы, Орла, Рязани, Самары, Саранска, Тамбова, Тулы, Уфы.
Идея форума принадлежала историкам, которые занимались проблемами феодальной формации, и потому сначала действовали четыре секции в хронологических с XIV по XIX век. Впоследствии первая секция стала охватывать период с древнейших времен, а с московской сессии 1965 г. начала работать секция по истории советского крестьянства.
В 1975 г. Отделение истории АН СССР утвердило Симпозиум в качестве постоянно действующего всесоюзного научного форума и, одновременно, центра, координирующего научно-исследовательскую работу по изучению аграрного прошлого всех регионов страны.
В 1991 г. этот центр получил свое оформление как Научный совет по проблемам аграрной истории при Отделении истории РАН, а с 2019 г. стал Секцией по аграрной истории Научного совета РАН по фундаментальным вопросам российской и зарубежной истории. Деятельность секции призвана способствовать концентрации усилий историков по постановке и разработке новых актуальных проблем в данной отрасли отечественной науки, в том числе через проведение сессий Симпозиума по изучению аграрной истории.
