Коллективные монографии
Национальные окраины Российской империи. Становление и развитие системы управления / С.Г.Агаджанов, Н.Е.Бекмаханова, М.Б.Булгаков, Л.С.Гатагова, В.Я.Гросул, Д.И.Исмаил-заде, Э.Г.Истомина, Ш.Ф.Мухамедьяров, В.В.Трепавлов, Э.П.Федосова. Отв. ред. С.Г.Агаджанов, В.В.Трепавлов. М.: Славянский диалог, 1998. 416 с.
Российская многонациональная цивилизация: Единство и противоречия / Н.Е.Бекмаханова, М.Б.Булгаков, Л.С.Гатагова, Д.И.Исмаил-Заде, Ш.Ф.Мухамедьяров, В.В.Трепавлов, Э.П.Федосова. Отв. ред. В.В.Трепавлов. М.: Наука, 2003. 378 c.
Русские в Евразии XVII–XIX вв. Миграции и социокультурная адаптация в иноэтничной среде / Н.Е.Бекмаханова, М.Б.Булгаков, Г.С.Гатагова, В.Я.Гросул, Д.И.Исмаил-Заде, В.В.Трепавлов, Э.П.Федосова. Отв. ред. В.В.Трепавлов. М.; Тула: Гриф и Ко, 2008. 480 с.
Русское население национальных окраин России XVII–XX вв. / Н.Е.Бекмаханова, М.Б.Булгаков, Л.С.Гатагова, В.Я.Гросул, Д.И.Исмаил-Заде, В.И.Котов, В.В.Трепавлов, Э.П.Федосова. Отв. ред. В.В.Трепавлов. М.: Славянский диалог, 2000. 320 с.
Образы регионов в общественном сознании и культуре России (XVII—XIX вв.) / Трепавлов В.В., Марчуков А.В., Федосова Э.П., Гатагова Л.С., Бекмаханова Н.Е. / отв. ред. В.В. Трепавлов. Тула: Гриф и К, 2011. 352 с.
Индивидуальные монографии
Агаджанов С.Г. Государство Сельджукидов и Средняя Азия в XI–XII вв. М.: Гл. ред. вост. литературы «Наука», 1991. 303 с.
Бекмаханова Н.Е. Источники о кочевом и оседлом населении Казахстана и Киргизии ХIХ в.: Численность и этнический состав. М.: ИСАА МГУ, 2003. 26 стр.
Бекмаханова Н.Е., Морозов В.П. Евразия: хозяйство, природа, духовность (на материалах стран Каспийско-Аральского региона 1990-х – начала 2000-х гг.). М.: Инст. славяноведения РАН, 2008. 48 с.
Булгаков М.Б. Государственные службы посадских людей в XVII веке. М.: ИРИ РАН, 2004. 348 с.
Булгаков М.Б. Народы Европейского Севера России в XVII веке: управление и хозяйство. М.: ИРИ РАН, 2008. 157 с.
Булгаков М.Б. Организация мелких откупов в России первой половины XVII в. Тюмень: Тюмен. гос. ун-т., 1998. 143 с.
Гатагова Л.С. Правительственная политика и народное образование на Кавказе в XIX в. М.: Россия Молодая, 1994. 250 с.
Гатагова Л.С., Чарный С. Антисемитизм в России и Европе. Обзоры: мониторинг и аналитика. М.: Московское бюро по правам человека, 2009. 112 с.
Исмаил-Заде Д.И. И.И.Воронцов-Дашков – администратор, реформатор. СПб.: Нестор-История, 2008. 364 с.
Исмаил-Заде Д.И. Граф И.И.Воронцов-Дашков. Наместник Кавказский. М.: Центрополиграф, 2005. 510 с.
Исмаил-Заде Д.И. Императрица Елисавета Алексеевна. Единственный роман императрицы. М.: ОЛМА-ПРЕСС, 2002. 445 с.
Исмаил-Заде Д.И. Население городов Закавказья в XIX – начале ХХ в. (Историко-демографический анализ). М.: Наука, 1991. 254 с.
Котов В.И. Народы союзных республик СССР. 60 – 80-е годы. Этнодемографические процессы. М.: ИРИ РАН, 2001. 277 с.
Марчуков А.В. Украинское национальное движение в УССР. 1920–1930-е годы. М.: Наука, 2006. 599 с.
Трепавлов В.В. «Белый царь». Образ монарха и представления о подданстве у народов России XV–XVIII вв. М.: Восточная литература, 2007. 255 с.
Трепавлов В.В. Большая Орда – Тахт эли. Очерк истории. Тула: Гриф и К, 2010. 112 с.
Трепавлов В.В. Государственный строй Монгольской империи XIII в. Проблема исторической преемственности. М.: Гл. ред. вост. литературы «Наука», 1993. 170 с.
Трепавлов В.В. История Ногайской Орды. М.: Восточная литература, 2001. 732 с.
Федосова Э.П. Россия и Прибалтика: культурный диалог. Вторая половина XIX – начало XX в. М.: ИРИ РАН, 1999. 243 с.
Документальные публикации
ВКП(б) и национальный вопрос. 1933–1945. Сб. документов. Кн. 2. Сост. Л.С.Гатагова, Л.П.Кошелева, Л.А.Роговая, Дж.Кадио. М.: РОССПЭН, 2009. 1095 с.
Ф.Головкин. Двор и царствование Павла I. Портреты, воспоминания и анекдоты. Сост., вступ. ст., коммент., указ., подбор илл. Д.И.Исмаил-Заде. М: ОЛМА ПРЕСС, 2003. 479 с.
Казачьи войска Азиатской России в XVIII – начале XX века (Астраханское, Оренбургское, Сибирское, Семиреченское, Уральское). Сб. документов. Сост. Н.Е.Бекмаханова. М.: ИРИ РАН, 2000. 431 с.
Посольская книга по связям России с Ногайской Ордой (1576 г.). Подгот. к печати, введ., коммент. В.В.Трепавлова. М.: ИРИ РАН, 2003. 93 с.
Посольские книги по связям России с Ногайской Ордой. 1551–1561 гг. Отв. ред. М.А.Усманов. Сост. Д.А.Мустафина, В.В.Трепавлов. Казань: Татар. кн. изд, 2006. 391 с.
Присоединение Казахстана и Средней Азии к России (XVIII–XIX века). Документы. Сост. Н.Е.Бекмаханова. М.: ИРИ РАН, 2008. 437 с.
РКП(б) – ВКП(б) и национальный вопрос. 1918–1933. Сб. документов. Сост. Л.С.Гатагова, Л.П.Кошелева, Л.А.Рогова. М.: РОССПЭН, 2005. 826 с.
Брошюры
Война и ислам на Северном Кавказе XIX–XX вв. / Л.С.Гатагова, Д.И.Исмаил-Заде, В.И.Котов, А.М.Некрасов, В.В.Трепавлов. Отв. ред. В.В.Трепавлов. М.: ИРИ РАН, 2000. 54 с.
Присоединение Среднего Поволжья к Российскому государству. Взгляд из ХХ1 века. «Круглый стол» в Институте российской истории РАН 14 ноября 2002 г. Ред. А.Н.Сахаров, В.В.Трепавлов. М., ИРИ РАН, 2002. 82 с.
Россия и Северный Кавказ: 400 лет войны? / Л.С.Гатагова, Д.И.Исмаил-заде, В.И.Котов, А.М.Некрасов, В.В.Трепавлов. Отв. ред. В.В.Трепавлов. М.: ИРИ РАН, 1998. 37 с.; Lewiston; Qweeston; Lampeter: The Edition Meller Press, 1999. 38 с.
Трепавлов В.В. Золотая Орда в XIV столетии. М.: Квадрига, 2010. 72 с.
Трепавлов В.В. Ногаи в Башкирии, XV – XVII вв. Княжеские роды ногайского происхождения. Уфа: Урал. науч. центр РАН, 1997. 72 с.
Trepavlov V. The Formation and Early History of the Manghїt Yurt. Bloomington: Indiana univ., Research Institute for Inner Asian studies, 2001. 57 p. (Papers on Inner Asia. № 35).
Сборники статей
История народов России в исследованиях и документах. [Вып. 1.] Редкол. В.В.Трепавлов, М.Б.Булгаков, А.В.Марчуков. М.: ИРИ РАН, 2004. 268 с.
История народов России и в исследованиях и документах. Вып. 2. Отв. ред. В.В.Трепавлов. М.: ИРИ РАН, 2007. 290 с.
История народов России в исследованиях и документах Вып. 3. К 80-летию со дня рождения С.Г.Агаджанова. Отв. ред. В.В.Трепавлов. М.: ИРИ РАН, 2009. 280 с.
История народов России и в исследованиях и документах. Вып. 4. Отв. ред. В.В.Трепавлов. М.: ИРИ РАН, 2010. 334 с.
История народов России и в исследованиях и документах. Вып. 5. Отв. ред. А.Н. Сахаров, Н.Ф. Бугай, В.В.Трепавлов. М.: ИРИ РАН, 2011. 426 с.
История народов России в исследованиях и документах. Вып 6. Отв. ред. В.В. Трепавлов. М.: ИРИ РАН, 2014. 328 с.