Периодические издания
Церковь в истории России. Сб. 1. Отв. ред. П.Н.Зырянов, Я.Н. Щапов М., 1997.
Церковь в истории России. Сб. 2. Отв. ред. Я.Н. Щапов М., 1998.
Церковь в истории России. Сб. 3. Отв. ред. О.Ю. Васильева. М., 1999.
Церковь в истории России. Сб. 4. Отв. ред. Е.В. Белякова. М., 2000.
Церковь в истории России. Сб. 5. Отв. ред. О.Ю. Васильева. М., 2003.
Церковь в истории России. Сб. 6. Отв. ред. М.И. Бълхова. М., 2005.
Церковь в истории России. Сб. 7. Отв. ред. В.М. Лавров. М., 2007.
Церковь в истории России. Сб. 8. Отв. ред. В.М. Лавров. М., 2009.
Церковь в истории России. Сб. 9. Отв. ред. В.М. Лавров. М., 2010.
Коллективные монографии, сборники статей
Миротворчество в России: Церковь, политика, мыслители. От раннего средневековья до рубежа XIX-XX столетия. М., 2003 Отв. ред. Рудницкая Е.Л. (Коллективная монография: Е.В. Белякова, Б.М. Клосс – члены авторского коллектива).
Монашество и монастыри в России: XI–XX века: Исторические очерки. Отв. ред. Н.В. Синицына. М., 2002.
От Древней Руси к новой России. Юбилейный сборник, посвященный члену-корреспонденту РАН Я.Н.Щапову / Отв. ред. А.Н. Сахаров. Отв. секр. Е.Б. Емченко. М., 2005.
Религии мира. История и современность. Отв. ред. Е.В. Белякова, А.В. Назаренко. М., 2004.
Русский исторический сборник. Том II. Глав. ред. В.М. Лавров. Отв. секр. В.В. Лобанов. М., 2010.
Церковный суд в России. Сборник статей. Отв. ред. О.Ю.Васильева. Спец. вып. "Исторического вестника". М., 2003.
Щаповская сельскохозяйственная школа - перекличка столетий: (К 100-летию ее основания). Авт. кол.: Я.Н.Щапов (рук.) и др. (Труды / Муницип. музей истории усадьбы Щапово; Вып. 2). М., 2003.
Монографии
Белякова Е.В. Церковный суд и проблемы церковной жизни / Церковные реформы. Дискуссии в Православной Российской Церкви начала XX века. Поместный Собор. 1917-1918 гг. и предсоборный период. М., 2004.
В.Ф. Зима. Голод в СССР 1946-1947 гг.: происхождение и последствия. М., 1996.
Васильева О.Ю. Русская Православная Церковь в политике Советского государства 1943-1948 гг. М., 1999. (2-е дополненное издание – М., 2001.)
Васильева О.Ю. Русская Православная Церковь: дни тревог и надежд. 1917-1941. Милан, 1999. (на итал. яз.).
Васильева О.Ю. Русская Православная Церковь и Второй Ватиканский Собор. М., 2004.
Васильева О.Ю. (в соавторстве с П.Н. Кнышевским, В.В. Высоцким, С.А. Соломатиным). Скрытая правда войны: 1941 год. Неизвестные документы. М., 1992.
Васильева О.Ю., Кнышевский П.Н. Красные конкистадоры. М., 1994.
Васильева О.Ю. "Tre vie". Milano, 2002.
Емченко Е. Б. Стоглав: Исследование и текст. М., 2000.
Зима В.Ф. «Человек и власть в СССР в 1920-1930-е годы: политика репрессий». М., 2010.
Клосс Б.М. Избранные труды. Т. I. Житие Сергия Радонежского. М., 1998.
Клосс Б.М. Избранные труды. Т. II. Очерки по истории русской агиографии XIV-XVI вв. М., 2001.
Курляндский И.А. Иннокентий (Вениаминов) – митрополит Московский и Коломенский. М., 2002.
Лавров В.М. "Крестьянский парламент" России (Всероссийские съезды Советов крестьянских депутатов в 1917-1918 годах). М., 1996.
Лавров В.М. Партия Спиридоновой. (Мария Спиридонова на левоэсеровских съездах). М., 2001.
Лавров В.М. Ленин. Отрекаясь от грехов прошлого». М., 2008.
Лавров В.М. Мария Спиридонова: террористка и жертва террора: Повествование в документах. М., 1995.
Лавров В.М., Лобанов В.В., Лобанова И.В. Мазырин А.М. Иерархия Русской Православной Церкви, Патриаршество и государство в революционную эпоху. М., 2008.
Лисовой Н.Н. Награды Русской Православной Церкви: Монография-альбом. М., 2001. (Изд. 2-е, доп. М., 2003).
Лисовой Н.Н. Русское духовное присутствие на Ближнем Востоке (сер. XIX в. - нач. XX в.). М., 2005.
Лобанов В.В. Патриарх Тихон и советская власть (1917-1925 гг.). М., 2008.
Мельникова Л.В. Армия и Православная Церковь Российской империи в эпоху наполеоновских войн. М., 2007.
Мельникова Л.В. Русская Православная Церковь в Отечественной войне 1812 года. М., 2002.
Румянцева В.С. «Патриарх Никон и духовная культура в России XVII века. Из рукописного наследия патриарха Никона: «Правила христианской жизни»». Исследование и публикация. М. - Сергиев Посад, 2010.
Синицына Н.В.. Максим Грек. (ЖЗЛ). М., 2008.
Синицына Н. В. Сказания о преподобном Максиме Греке (XVI—XVII вв.). М., 2006. (2-е издание – М., 2009).
Синицына Н.В. Третий Рим: Истоки и эволюция русской средневековой концепции. XV–XVI вв. М., 1998.
Щапов Я.Н. Движения за свободу вероисповедания в России. Устремления верующих и государственная политика в новое время. XVIII Международный конгресс исторических наук. Монреаль, 1995. М., 1995. (В соавторстве, на русском и французском языках).
Щапов Я.Н. Очерки русской истории, источниковедения, археографии. М., 2004.
Щапов Я.Н. Справочный инструментарий историка России. М., 2007.
Щапов Я.Н. State and Church in Early Russia, 10th-13th Centuries. N.Y. – Athen, 1993.
Брошюры
Белякова Е.В., Щапов Я.Н. Новеллы императора Юстиниана в русской письменной традиции (К истории рецепции римского права в России). М., 2005.
Документальные и научно-справочные издания
Дмитревский С.М. Русские раскопки на Елеонской горе / Подг. текста, сопроводит, статья и коммент. Н.Н. Лисового. М., 2006.
Дмитриевский А.А. Русская Духовная Миссия в Иерусалиме. [Сб. работ]. Сост. и науч. ред. Н.Н. Лисовой. М.-СПб., 2009.
Лисовой Н.Н. «Приди и виждь». Свидетельства Бога на земле. М., 2000.
Лисовой Н.Н. Чудотворные иконы. Обретение, чудотворения, молитвы. М., 2002.
Мазуринская Кормчая - памятник межславянских культурных связей XIV-XVI вв. М., 2002. (Е.В. Белякова и др.). Отв. ред. Я.Н. Щапов.
Патриархи Московские / Сост., вступ. статья. Н.Н. Лисового. М., 2004.
Письменные памятники истории Древней Руси. Летописи. Повести. Хождения. Поучения. Жития. Послания. Аннотированный каталог-справочник. Под ред. Я.Н. Щапова. М., 2003.
Россия в Святой Земле. Документы и материалы / Сост., подг. текста, вступ. статья, комм. и общ. ред. Н.Н. Лисовой. Т. I-II. М., 2000.
Русская Православная Церковь и коммунистическое государство. 1917-1941. Документы и фотоматериалы. Отв. ред. Я.Н. Щапов. М., 1996.
Сочинения преподобного Максима Грека. Т.1. Рук. проекта, отв. ред. Н.В. Синицына. М., 2008.
Три Рима / Сост. Н.Н. Лисовой, Т.А. Соколова. М., 2001.
Указатель трудов Императорского Православного Палестинского Общества. 1881-2007. СПб., 2009. Отв. ред. Н.Н. Лисовой.
Щапов Я.Н. Древнерусские письменные источники XI-XIII в. М., 1991. (каталог, в соавторстве).
Шульгин В.В. Последний очевидец. Мемуары. Очерки. Сны / Сост., предисл., подготовка текста, послесл. Н.Н. Лисовой. М., 2002.
Ростовские старинные кружевные сколки собрания Щаповых. Альбом-каталог. Сост. Е.В. Брюханова, Я.Н. Щапов. Ростов Великий, 2009.
Русские у Гроба Господня. Императорское Православное Палестинское Общество. 1882-1917. Фотовыставка / Сост., вступит. ст. Н.Н. Лисовой. М., 2007.
Учебные пособия
История религий. Учебное пособие. Под ред. А.Н. Сахарова. М., 2007. (В.М. Лавров, В.В. Лобанов – члены авторского коллектива). (Переиздание на татарском языке: Казань, 2009).
История христианства. Духовные традиции и культура. Под ред. А.Н. Сахарова. М., 2008. (В.М. Лавров, В.В. Лобанов – члены авторского коллектива).
Религии мира. Учебное пособие. Под ред. Я.Н. Щапова. М., 1994.